Na splošno dnevni liliji niso zelo dovzetni za škodljivce in bolezni. Med škodljivci so nevarni komar dnevnik in trips, ki ličinke položijo v popke. Popki ne rastejo v dolžino, se širijo in deformirajo.
Od bolezni je najbolj nevarna gniloba koreninskega ovratnika, ki lahko uniči rastline, če nanjo niste pravočasno pozorni. Obolelo rastlino je treba popolnoma izkopati, sprati in očistiti iz gnilobe, držati približno 20 minut v temni raztopini kalijevega permanganata, nato pa 2-3 dni na zraku, dokler se boleče mesto ne izsuši in strdi. Po tem jo lahko ponovno posadimo, vendar ne na istem mestu, kjer lahko ostanejo gnilobe - mikroskopske glive ali bakterije.
Rad bi bil pozoren na bolezen, ki pri nas še ni zabeležena, vendar je zaradi velikega uvoza različnih rastlin v našo državo možno tveganje za njeno vnos - to je vsakodnevna rja. Ta glivična bolezen je bila prvič odkrita avgusta 2000 v ZDA, katere povzročitelj se imenuje Puccinia hemerocallidis. Gljive rje imajo več stopenj razvoja, medtem ko lahko številne njihove vrste v eni fazi živijo na eni vrsti rastline, v drugi fazi pa na drugi vrsti. Takšne rje se imenujejo "razno". Povzročitelj rje dnevnih lilijev je dva gostitelja. Njeni dve stopnji živijo, se hranijo in razmnožujejo na listih in cvetnih steblih prvega gostitelja - lilijevcev; spore prenaša veter ali človek iz ene rastline v drugo. Rastline same ne umrejo, listi pa so prekriti s pustulami svetlo rumene barve in zelo hitro odmrejo.Spore, ki nastanejo poleti v prvih dveh fazah, živijo samo na živih tkivih, s katerimi se hranijo, in ne prenesejo hladnih zim, zato v ZDA bolezen še vedno prevladuje predvsem v toplih državah. Toda tretja stopnja razvoja glive, tako imenovani teliostage, lahko prenaša nizke temperature. Ta stopnja se razvije šele pri drugem gostitelju, to je rastlina iz družine Valerianov - Patrinia. Rod je vzhodnoazijskega izvora, Puccinia hemerocallidis je bil prej najden le v Sibiriji, na Kitajskem, Japonskem in v Koreji. Prej patrinija, ki je navzven podobna baldrijanu, ni bila uporabljena kot okrasna rastlina, v zadnjem času pa je s pojavom mode za vrtove v naravnem slogu postala priljubljena v tej vlogi. Sorta Patrinia scabiosifolia "Nagoya" je še posebej razširjena v prodaji na Zahodu, možno je, dada se bo ta rastlina pojavila v naši prodaji. Zato za največjo varnost na svojem spletnem mestu ne smete saditi rastline patrinije, da ne bi na vaš vrt vnesli resne bolezni dnevnih lilijev.
